島津液相色譜柱的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統,樣品溶液經進樣器進入流動相,被流動相載入色譜柱(固定相)內,由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數,在兩相中作相對運動時,經過反復多次的吸附-解吸的分配過程,各組分在移動速度上產生較大的差別,被分離成單個組分依次從柱內流出,通過檢測器時,樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀,數據以圖譜形式打印出來。
影響島津液相色譜柱性能的物理因素有下面這些：
(1)硅膠純度
硅膠純度和殘留金屬離子濃度，硅膠的雜質會影響化合物的峰形，硅膠表面的金屬含量高會影響堿性化合物的峰形，易發生拖尾。
(2)色譜柱尺寸
填料床的長度和內徑，增加色譜柱長度，可以在一定程度上提高柱效，但也會升高壓力和導致峰展寬；寬柱徑，提高載樣量，但也會增加橫向擴散，同樣會導致峰展寬。窄柱徑可以節約溶劑，可減少橫向擴散，但壓力較大，對系統要求較高。
(3)顆粒形狀及粒徑
球形顆粒柱效高、重現性好、柱床結構均勻，不規則形柱床結構不均勻、流動相線速度不均勻，容易譜帶展寬；平均顆粒直徑，粒徑越小，柱效越高，柱壓也越高。粒徑分布越廣則柱效越低，壓力越大。
(4)顆粒表面積
顆粒外表面和內部孔表面的總和，以m2/g表示，相對而言高表面積對樣品具有較強的保留能力，更大的柱容量和分離度。而低表面積能更快達到平衡狀態，更適合梯度洗脫程序。
(5)孔徑
島津液相色譜柱顆粒的孔或腔的平均尺寸，范圍是80～300，大孔徑的填料顆粒可以延長大分子溶質在填料表面的滯留時間，改善分離，所以大孔徑填料適合分離大分子化合物或者水動力體積較大的分子。
